(Стефан) — протопоп московского Благовещенского собора, духовник царя Алексея Михайловича. Его личный характер и направление его деятельности выясняются особенно из переписки протопопа Иоанна Неронова и из его биографии, составленной современником (см. "Материалы для истории раскола" изд. Н. И. Субботиным, т. I., и "Иоанн Неронов" ст. П. Знаменского в "Православном Собеседнике", 1869 г., март). В. пользовался в Москве уважением и любовью. О нем отзывается тепло Неронов даже и после того, как он разошелся с ним. Протопоп Аввакум, почти не имевший обычая о ком бы то ни было отзываться благосклонно, о Стефане Вонифатьеве говорит, что он был "муж благоразумен и житием добродетелен, слово учительно во устах имеяй". Есть основание думать, что Алексей Михайлович воспитан под влиянием своего духовника, который, по словам современника, "всегда, входя в покои царские, глоголаша от книг словеса полезная, увещевая со слезами царя ко всякому доброму делу и врачуя его царскую душу от всяких злых начинаний". Когда царь женился на Милославской, то "честный оный протопоп Стефан и молением, и запрещением устрои не быти в оно брачное время смеху никакому, ни кощуном, ни бесовским играниям, ни песням студным, ни сопельному, ни трубному козлогласованию". Не царя только, но и бояр В. "увещеваше непрестанно, да имут суд праведный без мзды". Если принять во внимание дошедший до нас сборник, под заглавием "Книга, глаголемая Златоуст", принадлежащий, как видно из находящейся на ней пометке, Стефану Вонифатьеву, то можно предположить, что В. назидал молодого царя не об обряде и благочинии только, но и о делах правления. Вероятно, не без его влияния Алексей Михайлович, в начале своего царствования, издал ряд указов и постановлений о соблюдении постов, о посещении храмов, об уничтожении непристойных игрищ и проч. Под главенством и руководством В. составился кружок людей начитанных и искусных в деле проповеди, которые действовали в разных местах, но в одном духе и с одним направлением. Сюда принадлежали: Иоанн Неронов, Аввакум, Логгин, Лазарь, Данила; из светских лиц им сочувствовал Ф. Ртищев, из черного духовенства — Павел, епископ коломенский. Это были реформаторы прежде реформы Никона, и сам Никон им сначала сочувствовал и многому от них научился. Сначала они действовали заодно с патриархом Иосифом, но скоро пошли дальше его; Стефан даже совсем с ним разошелся. Но и в самом кружке Стефана, благодаря быстрому течению событий, скоро обнаружились несогласие и раздор. Толчок к этому был дан приездом киевских ученых в Москву. Они смотрели свысока на московских начетчиков и грамотеев и в церковных взглядах своих во многом не согласны были с московской стариной. Кружок Стефана был составлен именно из московских начетчиков и староверов, людей почтенных, но не способных оценить новых взглядов, а Стефан, вместе с Никоном и Ртищевым, явился почитателем и защитником киевских старцев. Когда Никон вступил на патриарший престол и начал преобразования, притом властно и резко, обнаружился раскол в собственном смысле этого слова. Прежние преобразователи вооружились против Никона, а он начал их казнить, как противников церкви. Кроткий и уравновешенный Стефан оценил добрые начала в деятельности Никона и не противоречил ему; но, зная благочестивую ревность противников Никона, не мог не скорбеть о тяжкой их участи. Таким образом положение его, можно думать, было и неопределенное, и тяжелое.

См. "Православное Обозрение" (1887, I); Н. Ф. Каптерев, "Патриарх Никон, как церковный реформатор и его противники", гл. VI.