Ее переустройство, оконченное в 1896 г., далеко не оправдало ожиданий; увеличилась средняя подъемная способность судов, сократилось (с 40 до 32 дней) время прохождения судов из Рыбинска к СПб., уменьшился фрахт (с 3,85 коп. до 2,99 коп. за 1000 пуд.), но коренные недостатки системы не исправлены: в середине лета глубина воды не обеспечена до 6 четв., вследствие чего суда с осадкой в 10 четв. по системе проходить не могут. За исключением pp. Шексны, Свири, Невы и озер, по-прежнему практикуется конная тяга; бечевники далеко не устроены. Вследствие этого по-прежнему значительная часть грузов, идущих из Рыбинска с Волги в Шексну (выход М. системы), должна перегружаться: в 1903 г. без перегрузки отправлено 7134 тыс. пуд., а с перегрузкой — 39747 тыс. пуд. Конкуренция Рыбинско-Бологовской жел. дор. продолжает возрастать. Провезено из Рыбинска:

Конкуренция жел. дорог с открытием пути от СПб. на Вологду (1905), который пересекает М. систему у г. Череповца, должна еще более возрасти. Ср. Б. Ю. Трояновский, "Мариинская система в цифрах после ее переустройства" (в "Труд. Спб. Отд. Имп. Общ. для содействия русскому торговому мореходству", СПб., 1898).